Proglašenjem Nezavisne Države Hrvatske (NDH) 10. aprila 1941. godine, na njenoj teritoriji došlo je do radikalnih promjena u životu stanovništva. Nakon nekoliko mjeseci postojanja NDH država je krenula sa sistemskom likvidacijom srpskog stanovništva u lјeto 1941. godine. Među narodom Kozare ti zločini poznati su pod nazivom „Ilindanski pokolјi“. Hapšenje, sabiranje i likvidacija Srba oko Kozare počela je krajem jula i trajala do 3. avgusta 1941. godine. Prema istorijskim izvorima, samo na području Prijedora, pobijeno je oko 1500 Srba u tim pokolјima. Likvidacije su najviše vršene hladnim oružjem.

Osjetivši šta mu se sprema, srpski narod Kozare krajem jula diže se na ustanak protiv NDH. Iako je srpski ustanak počeo bez ideoloških principa, komunisti su uspjeli tokom prvih mjeseci ustanka da se stave na čelu ustaničkih masa. Centralna figura ustanka na Kozari bio je dr Mladen Stojanović. Narod Kozare je govorio kako je Kozara novo Kosovo i da je bolјe poginuti nego se predati. Osman Karabegović je imajući u vidu da je ustanak srpski, ovako u januaru 1942. godine objasnio simbole ustaničkih jedinica na Kozari, ali i čitavoj Bosanskoj Krajini: „Srpska zastava na našoj znački je simbol borbe poroblјenog srpstva, a crvena zvijezda na njoj znak bratstva naroda.“ Srpskom ustanku se pridružio i jedan manji broj ostalih naroda, uglavnom kao članovi Komunističke partije Jugoslavije (KPJ).

Tokom prva dva mjeseca 1942. godine, na Kozarskom području i bližoj okolini, hrvatske snage izvode niz masovnih zločina nad srpskim stanovništvom. U selu Draksenić (Bosanska Dubica) 14. i 15. januara hrvatske ustaše i domobrani likvidirali su preko 200 srpski civila. Od toga broja njih 64 ubijeni su u seoskoj pravoslavnoj crkvi. Zatim likvidacija Srba u selu Piskavica (Banja Luka) 5. i 12. februara i u selu Ivanjska (Banja Luka) 12. februara, kada je ukupno likvidirano takođe preko 200 srpskih civila. Između ovih pokolјa, ustaše i naoružani hrvatski civili oko Banje Luke, likvidirali su oko 2.300 srpskih civila iz banjalučkih sela Drakulić, Šargovac, Motike i srpske rudare iz rudnika Rakovac. 

U prolјeće 1942. godine, na Kozari je bilo oko 3.500 partizana koji su držali veći dio planine pod svojom vlašću. Nakon što su njemačke snage u februaru organizovale operaciju „Prijedor“ radi izvlačenja svojih snaga iz tog grada u čemu su i uspjeli, a partizani u martu oslobodili Kozarac  i pritiskali neprijatelјske snage na području Ljubije i Prijedora, odlučeno je da se krene direktno na hrvatske snage u Prijedoru. U operaciji koja je počela 15/16. maj 1942. godine, učestvovalo je 20 partizanskih četa: 14 četa sa Kozare, 4 čete sa Grmeča i 2 čete sa Banije. Nakon oslobođenja Prijedora 16. maja, borbe su prenesene na područje Ljubije koja je oslobođena 17. maja i tu je počela sa radom partizanska vojna radionica u kojoj su pravlјene čak i avio bombe i oklopna vozila.

Partizani su se u oslobođenom Prijedoru zadržali do 10. juna kada je počela velika hrvatsko-njemačka ofanziva na Kozaru. Na oko 3.500 partizana i oko 80.000 srpskih civila u kozarskim zbjegovima, krenula je sila od oko 30.000 hrvatskih i njemačkih vojnika (19.000 ustaša i domobrana i 11.000 Nijemaca). Partizani su pružili nadčovječan otpor nadmoćnijem neprijatelјu, ali su doživjeli veliko stradanje i razbijanje borbenih redova, a Genocid nad Srbima u NDH na prostoru Kozare koji je revnosno sprovodila NDH pokazao je svoje najkrvavije lice tokom 1942. godine. 

Partizani su pokušali dva puta da se probiju iz hrvatsko-njemačkog obruča. Prvi pokušaj bio je 3/4. juli, kada se dio udarnih partizanskih snaga probio u reonu sela Gornji Jelovac preko brda „Patrija“, jugozapadni dio Kozare. S njima se izvuklo i više hilјada srpskih civila, uglavnom stanovnika tadašnjeg sreza Bosanski Novi. Partizanske snage koje se nisu uspjele probiti u prvom proboju, pokušavaju novi proboj 4/5. julu, ali na istom mjestu. Neprijatelјu su stigle svježe snage i drugi pokušaj proboja je odbijen, nakon čega prestaje organizovan otpor na Kozari. Hrvatsko-njemačke snage nakon toga krstare Kozarom, likvidiraju sve zaroblјene partizane, a civile uglavno zaroblјavaju i odvode u logore. Hrvatsko-njemačka ofanziva na Kozaru zvanično je završena 18. jula 1942. godine, ali i nakon toga datuma neprijatelјske snage krstare Kozarom. 

Desetkovani odred od oko 400-500 naoružanih partizana, povukao se na brdo Živoder kod sela Vojskove. Tu je pod rukovodstvom Josipa Mažara Šoše i Miloša Šilјegovića, odlučeno da se preostale snage razoružaju i razbiju na manje grupe i tako prikriju pred neprijatelјem, da bi se kasnije našli na zadatim zbornim mjestima na Kozari. Oružje je trebalo sakriti na pogodnim mjestima. Isto naređenje upućeno je i civilima u Kozari. Ovo naređenje je sprovedeno u djelo, iako su postojala neslaganja i zahtjevi da se borba nastavi. Naročito su nastavak borbe zahtjevali Kozarčani čije su se porodice nalazile u zbjegovima. Određene grupe ustanika nisu dozvolile da budu razoružane i otišli su svojim porodicama u Kozaru, dok se većina mlađih boraca povinovala naređenju. Gubici borbene grupe „Zapadna Bosna“, od 5. juna do 31. jula, prema njemačkim izvorima bili su slijedeći: 69 poginulih Nijemaca, 160 ranjenih i 7 nestalih, kao i 445 poginulih Hrvata, 654 ranjena i 498 nestalih. Partizanski izvori navode znatno veće gubitke kod Hrvata i Nijemaca, od oko 7000 izbačenih vojnika iz stroja. U tu brojku ulaze poginuli, zaroblјeni, ranjeni i nestali neprijatelјski vojnici. 

Na lokalitetu Palež u Kozari, održana je 19. i 20. avgusta smotra preživjelih partizana Kozare. U stroju se našlo oko 900 partizana. Smotri je prisustvovalo i nekoliko stotina srpskih civila iz kozarskih sela. Tom prilikom Skender Kulenović recitovao je svoju još nedovršenu poemu „Stojanka majka Knežopolјka“, koja je izazvala velike emocije među partizanima i civilima.  Borba na Kozari je nastavlјena, a 22. septembra Drugi KNOP odred pretvoren je u Petu kozarsku brigadu sa oko 1.100 boraca. Otpor na Kozari trajao je do kraja rata i broj partizana stalno se povećavao, a partizanske snage sa Kozare odlazile su i na druge frontove, prema Grmeču i istočnoj Bosni. Neke od kozarskih partizanskih brigada učestvovale su i u oslobađanji Beograda, probijanju sremskog fronta, i gonjenju hrvatskih i njemačkih snaga prema granici sa Austrijom.